Новая методика анализа ДНК изучает геном неандертальцев

Новая, более простая и дешевая методика секвенирования ДНК была использована для расшифровки и анализа митохондриального генома пятерых неандертальцев.

Исследователи отмечают, что новая методика позволяет обойти трудности, возникающие при анализе частично разрушенной древней ДНК, что позволяет лучше понять генетические черты и особенность эволюции неандертальцев и других древних видов.

В прошлом году группа под руководством Сванте Паабо (Svante Pääbo) из Института Эволюционной Антропологии Макса Планка (Лейпциг) проделала первый полный анализ митохондриальной ДНК неандертальца с помощью секвенирования методом «выстрела из дробовика» (shotgun sequencing – метод определения первичной нуклеотидной последовательности с использованием крупных стохастических фрагментов с перекрывающимися последовательностями). Тем не менее, эта методика требует больших затрат времени, в ней расходуются большие количества драгоценной древней ДНК, при реализации этой методики происходит секвенирование всех нуклеиновых кислот образца, при этом 99% всех нуклеиновых кислот, извлекаемых их древних окаменелостей обычно принадлежит бактериям и грибкам, внедрившимся в костную ткань останков.

Для того чтобы избежать трудностей, описанных выше, Паабо с коллегами разработал ускоренный, дешевый и дающий меньшее количество отходов метод реконструирования геномов древних биологических видов – метод улавливания расширения праймера [primer extension capture (PEC)]. Еще одна причина заключалась и в том, что предоставленные для изучения новые образцы оказались в плохо сохранившемся состоянии, и их анализ методом «выстрела из дробовика» мог бы стоить миллионы долларов.

Исследователи смогли «оживить» драгоценные образцы древних ДНК (например, ДНК неандертальцев), получая многие тысячи копий ДНК из каждой исходной молекулы ДНК. Многократное повторение этого процесса позволяет получить библиотеки из последовательностей анализируемых ДНК. В методике используется 5'-биотинированные олигонуклеотидные праймеры и ДНК-полимераза, позволяющие отделить ДНК неандертальцев от загрязняющих образец молекул «посторонних» ДНК. Такой подход позволяет уменьшить время на анализ образца и понизить его стоимость в несколько тысяч раз.

Источник: chemport.ru